Ich verwende den gleichen configure Befehl. Den habe ich ja vor einiger Zeit selbst hier gepostet:

./configure --enable-plugins --with-alsa --with-mysql --with-lua-includes=/usr/include/lua5.1 --with-lua-suffix=5.1

In der config.log sind alle Zeilen, die mit lua zu tun haben mit einem "result: yes" abgeschlossen.