Gegen Störungen kann man ja vorsorgen.
So könnte man, sofern in dem Scanner genügend Platz ist, um die USB-Soundkarte eine kleine Blechverkleidung bauen.

Um den USB-Anschluss durch eine Buchse zu ersetzen, empfehle ich, am Scanner dann die USB-Buchse der Bauform "B" zu verwenden. Das ist die fast quadratische Variante.
Weitere Infos zum Thema USB gibt wie immer gerne Tante Wikipedia.

Ansonsten finde ich die Idee zumindest interessant.