Naja das ganze wird sicher nicht ganz so kritisch sein wie du vermutest den selbst wenn der Architekt oder wer auch immer nicht an sowas gedacht das Bauamt sicherlich. Ich weiß jetzt nicht wo du her kommst und wie alt der "Bunker" ist aber hier gibt es etliche Einschlägige Vorschriften auf deren Einhaltung sehr genau geachtet wird auch (oder gerade) bei Öffentlichen Gebäuden.
Nun zu deinem eigentlichen Problem. Also ganz vorstellen mit dem Handyblocker kann ich mir nicht wirklich aber heutzutage weiß man ja nie. Wäre halt schön zu wissen in welchem Frequenzband der Störsender arbeiten soll. Möglichkeit eins wäre der Betrieb auf einem nicht gestörten Kanal, gibt ja etliche Möglichkeiten fürs Funken wie 70cm, 2m, 4m, 8m und wenn ich mir schon nicht vorstellen kann das dort ein Jammer seinen Dienst verrichtet dann erstrecht nicht das alle Frequenzen gestört werden. Eher denke ich da an Bauliche Gründe. Wo wir ggf wieder beim Thema am Anfang wären Bauliche Vorschriften. Irgendwie muss ja eine Kommunikation möglich sein dort sowas ist ja gefordert in entsprechenden Konzepten und da kann eine Schule mal nicht hin gehen und großzügig drüber weg sehen.
Möglichkeit zwei... Mal bei der RegTp/BNetzA nachfragen. Die nehmen sich gerne eines solchen Themas an ;)