Also allgemein:
Es ist auf jeden Fall klar, dass ohne die Alarmierungstool.txt (mit dem Pfad der exen) in /System32/ die Alarm.exe nicht starten wird (die jar dagegen schon)

Jedes mal wenn die AlarmierungsTool.exe (bzw. .jar) gestartet wird, wird die .txt durch folgenden Befehl angelegt:
Runtime.getRuntime().exec("cmd /c echo %cd%>%SystemRoot%\\system32\\Alarmierungstool.txt" );

Das Problem ist, dass es bei mir einwandfrei funktioniert. Deswegen ist es schwer den Fehler nachzuvollziehen.
Ich hoffe ich finde den Fehler....

@BamBam
Die .jar IST das Programm. Du kannst der jar natürlich auch parameter übergeben, wenn du sie aber nur durch einen Doppelklick startest werden automatisch keine Parameter übergeben.