Welchen Ordner?
So wie es scheint, hast du noch nicht wirklich mit einer Kommandozeile gearbeitet.
Wenn du die Kommandozeile öffnest, befindest du dich einfach ausgedrückt in einem Verzeichnis, in dem du Befehle ausführen möchtest.
In diesem Verzeichnis befindet sich wohl ein Ordner, Desktop heißt. Du könntest nun in den Ordner wechseln, das geht mit dem Befehl "cd Desktop" und dort FMSCrusader starten. Dies geschieht mit dem Befehl "java -jar fms.jar".
Eine andere Alternative wäre, FMSCrusader direkt zu starten, was so funktionieren müsste. "java -jar ./Desktop/fms.jar"