Mit Java hat das nix zu tun.
Hast Du vielleicht das Öffnen von weiteren Fenstern deaktiviert? (Pop-Up Blocker)

Was ist, wenn Du die Adresse direkt eingibst?
Z.B. http://127.0.0.1/t=100
(oder je nach Adresse und HTTP-Port von AllFMS)

Gruß,
ahk