autoconf sollte eigentlich nicht nötig sein, es sollte ./configure und make && sudo make install reichen.
Ja genau, wichtig ist, dass bei Ubuntu mit Alsa auch die Soundkarte unter Alsa angegeben wird, nicht wie im Beispiel auf der Seite für OSS.
./configure --help zeigt übrigens noch ein paar Konfigurationen für monitord, beispielsweise lua.