In einem anderen Forum bekam ich den Tipp mit Bandpässen zu arbeiten.

Ich könnte also auch das Signal in einen 1,2 kHz Bandpass schicken. Es dann gleichrichten und über einen Komparator schicken. Da das Signal mit 1en beginnt kann der Anfang erkannt werden und die Länge ist mit 48 Bit auch vorgegeben.

Das Signal könnte ich dann gut im µC verarbeiten.