Grundlegende Frage: Hast du bei den Einstellungen, von welcher Quelle aufgenommen werden soll, auch Line-In angehakt?
Für Vista kann ich dir leider nicht sagen wie es geht, hab nur XP, aber ich denke nicht, dass es bei Vista so großartig anders ist. Bei XP doppelklickst du unten rechts bei der Uhr auf den Lautsprecher, gehst dann auf Optionen -> Eigenschaften -> Lautstärke regeln für AUFNAHME
Dann musst du noch bei LINE-IN den Haken setzen, vermutlich steht er bei dir auf Mikrofon oder so, denn dann hörst du z.B. zwar das Eingangssignal, die Hard- bzw. Software reagiert aber nur auf den Eingang an der Mikro-Buchse
EDIT: Sorry, hab gerade gesehen, dass es bei dir ja nur manchmal nicht geht und nicht überhaupt net.