Versuch doch mal diese zwei Möglichkeiten:

Erstens: Starte Crusader nochmal clean.
Hierzu in das Crusaderverzeichnis wechseln, den Settingsordner KOPIEREN,
aufm Desktop packen.
Dann im Crusader Ordner alles bis auf die crusader.JAR löschen.
Crusader einmal komplett "durchstarten" lassen.
Dann mal einen Prozess für Group anlegen, speichern.
GANZ WICHTIG! Auch im Hauptfenster speichern!
Dann Crusader beenden.

Neu starten und schauen, ob die Einstellungen geblieben sind.

Was ich mir noch vorstellen könnte, DU hast eingeschränkte Rechte auf den Ordner.
Sprich, wenn Du als Eingeschränkter User aufm Adminbereich was löschen/ändern/umbennen willst, wird dir das sicher verweigert.
Dieser Punkt wäre noch zu beachten.

Was man auch mal ausprobieren könnte, wo ich aber keine Garantie für übernehme:
Leg als Programmpfad mal den Pfad zu IE/FF an. (welchen du nutzt)
Und als Parameter gibst mal einfach nur den Pfad zu IE/FF LEERSCHRITT Argumente an.

Vielleicht klappt dieses ja.

Ansonsten werd ich auch gerade ziemlich ratlos, was man noch machen könnte.