Das Problem hatten wir auch (vor allem mit Tabellen). Lässt sich sehr einfach lösen:
1. Öffne FineReader
2. Öffne ein Beispiel-Fax
3. Klicke in das Fax und ziehe einen Rahmen (über die komplette Seite)
4. Im rechten oberen Eck des Rahmens, kannst du den Typ des Rahmens festlegen. Wähle hier "Text"
5. Klicke nun auf "Lesen" (jetzt sollte alles korrekt eingelesen und formatiert werden)
6. Gehe auf "Bereich" > "Bereichsvorlage speichern" und speichere diese Vorlage

In HotFolder
7. Unter "Schritt 3" deines Taskes, gibt es den Punkt "Einstellungen für die Dokumentenanalyse". Dort wählst du unter "Vorlage verwenden" deine eben erstelle Bereichsvorlage aus

Das wars. Jetzt sollten die Ergebnisse perfekt sein!