Sicher abgeschlossene Dokumente mit Stiftunterschrift gibt es schon, ob dies aber günstig zu realisieren ist bleibt abzuwarten.
Die Nummer ohne Stift (der MA hat sich ja schon legitimiert, durch Kürzel + Passwort) ist relativ einfach zu erledigen.

EDIT:
Umsetzungideen:
Accessdatenbank mit einfachem Frontend wird am einfachsten sein. Dann kann das natürlich auch etwas komplexer ausfallen, dann vielelicht ne kleine Anwendung schreiben die auf ne mySQL-DB oder ähliches zugreift. Standortübergreifend könnte ne Intranetanwendung gemacht werden. Es gibt sehr viele Möglichkeiten, welche bei Realisierung durch Dich an den Fähigkeiten oder bei der Fremdrealisierung durch das Budget beschränkt sind.
Als Softwareentwickler kann ich Dir gern noch weitere Tipps geben, dafür sollte aber noch etwas Input kommen.

Gruß
Simon