Für unvollständige POCSAG Nachrichten kann der Grund bei deinem Scanner liegen.
Du schriebst das du zwei Frequenzen eingetragen hast. Um POCSAG auswerten zu können sollte auch nur diese Frequenz gescannt werden.
Für FMS/ZVEI müßtest du noch einen zweiten Scanner haben.
Grund ist folgender. Sobald auf der FMS (4m) Frequenz was los ist, schaltet er die POCSAG (2m) Frequenz ab. Je nachdem was bei deinem Scanner eingestellt ist (Priorität).

Ansonsten konnte ich die Spannung bei mir am Mikrofon Eingang abschalten. Ist auch ne Onboard Soundkarte. Ob das nun bei deiner geht?!
Schau mal in der Windows Laustärkeregelung unter -> Aufnahme->Erweitert ob dort ein Haken bei-> 1 Mikrofon +20dB Anhebung ein Haken drin ist falls ja, den mach mal raus.

Ansonsten würde ich mal mit den Reglern der Aufnahmesteuerung im Windows ein wenig arbeiten.

Ansonsten hör auf den Tipp von DG7GJ. POC32 ist das non plus Ultra für POCSAG Auswertung.
Ich arbeite derzeit auch mit Bosmon bin damit auch zufrieden. Man muss nur bedenken das es Beta ist.