Es geht auch mit 2 Scannern und 2 Kanälen. Vorausgesetzt, das Y-Kabel ist richtig konfiguriert.

Ich hab meins selber erstellt, auf dem linken Kanal Scanner 1, auf dem rechten Kanal Scanner 2...

Ich würde an Deiner Stelle noch einmal die Verkabelung checken. Eigentlich geht das wunderbar.