Die Samplerate macht da eigentlich wenig Unterschied. 44100 ist vollkommen in Ordnung. Behalte das mal bei.
Also wenn man mal die Samples zählt (die kleinen Striche "|" auf dem Audiosignal), dann kommt man auf rund 35-40. Das entsricht 1200 Baud. (44100 Samples / 1200 Baud = 36,75 Samples per Bit)
Schau dir das in Audacity mal genauer an. Eigentlich sollten es für jedes Bit (also immer eine dieser Halbwellen) ca. 37 Samples sein. Deutlich mehr > 40 ist genauso scheiße wie deutlich weniger < 35. Dann kommt nämlich der Auswerter durcheinander.
Dein Signal scheint trotz Discriminator noch nicht sauber genug zu sein. Schau mal ob du Empfangsseitig noch einiges rausholen kannst. Je mehr das Signal einem Rechteck ähnelt und je genauer die Samples pro Bit = 37 sind. Desto besser wird deine Auswertung.
EDITH:
Schick mir mal deine Audio-Datei (jogi@gibma.de), ich schau mir das mal genauer an.
Gruß Joachim