Das Problem wird sein, das er die erste eMail noch nicht verarbeitet hat, wenn schon der 2. Alarm kommt. Somit ist Datei c:\emailalarm\ffw1.txt nocht nicht gelöscht.

Die erste Zeile Deiner Batch fügt neue Inhalte durch das >> an:
echo Am %date% um %time:~0,8% Alarm %* >> c:\emailalarm\ffw1.txt

Mach aus dem >> ein >. Somit wird nicht mehr angefügt, sondern neu angefangen. Also falls noch etwas in der ffw1.txt steht, wird dieses zuerst gelöscht.