FMS32pro werten die beiden Kanäle (links und rechts) getrennt aus, also es dürfte keine Probleme geben.
Allerdings mit Line-in und Mic auszuwerten geht nicht, weil man in Windows nur einen Aufnahmeeingang festlegen kann.
Hier mal der Link zum Thema 2 Scanner an Line-in:
http://www.funkmeldesystem.de/foren/...threadid=13685