Ich würde das ganze über TCP/IP machen:

"Das Hauptprogramm" öffnet nen TCP/IP Port und das "Tansferprogramm" verbindet sich damit und übergibt die Daten. Danach wird die Verbindung wieder getrennt und das Hauptprogramm kann loslegen. Das Transferprogramm wird dann im FMS32 also Aktion hinterlegt.

Da könnte man sogar FMS32+Transferprogramm und dein eigenes Programm auf verschiedene Rechner verteilen. Ggf. ist ja der optimale Scannerstandort nicht in der Nähe einer ISDN-Dose ...