Kommt im Zweifel auf das Signal an, was auf den doppelt belegten Pins liegt. Grundsätzlich klingt die Idee für mich erstmal komisch. Bei GND wäre die Doppeltbelegung unkritisch.
Welche Pins wären denn doppelt? Ansonsten würde ich wieder den berühmten Expansion Head Enhanced vorschlagen. Dort ist PEI über die SUB-D Buchse am Kopf herausgeführt.