Installer ist für die gedacht, die einen Installer gewohnt sind. Außerdem prüft er, ob Java installiert ist oder nicht.

Prinzipiell gibt es aber keine großen Unterschiede. Eine .zip ist halt "bequemer", da man sie einfach entpacken muss und fertig. Außerdem kann man damit besser arbeiten (verschieben, umbenennen, auf USB Stick packen, etc.)