Hallo Marcel!
Die LUA-Scripte und die monitord.xml müssen im gleichen Verzeichnis wie das Binary sein, soweit Du das nicht anders compiliert hast. Eigentlich sollte nach einem "make install" das binary auch unter "/usr/local/bin" liegen.
Das Home-Verzeichnist standardmäßig 755, da darf also nur der "cubie" drin schreiben, sonst keiner. monitord will aber ein LogFile anlegen und wenn der nicht, dann das MySQL-Plugin, also scheitert's an den (fehlenden) Schreibrechten.
Also: "make install" ausführen, die XML und die LUAs nach "/usr/local/bin" kopieren und nochmal testen. Unter "/usr/local/bin" solltest Du eigentlich auch die rtl_* Binaries finden.
Markus