Der Ablauf sieht so aus nehme ich an ?(alles andere wäre falsch)

-Probealarm
--Programm ausführen(Mail-Abruf-Programm)
--Datei einlesen(Textdatei, die vom Mail-Programm abgelegt wurde)
---Alarmtext(FMS32 + eingebundene Text-Datei)
----Android
----IPhone
----SMS77

Das Datei-Einlese Plugin löscht die Datei nachdem sie die Daten eingelesen hat. Deswegen kann es nur einmal die Datei einlesen.

"Server-Gui konnte nicht gestartet werden, eventuell läuft firemergency schon."
Wie der Name schon sagt, läuft firEmergency-Server bereits. Du solltest also im Taksmanager schauen, dass der Server nur ein einziges mal läuft. Sonst bekommst du riesen Probleme.
Der Server sollte entweder "firEmergency Server.exe" heißen, oder eventuell "javaw.exe"