Kann das sein, dass du zweimal die selbe fms32pro.exe Datei startest? Einmal mit und einmal ohne den /S Parameter?
Dann greifen die beiden Instanzen nämlich auch auf die gleichen Konfigurationsdateien usw. zu.
Probier mal, für jeden Kanal einen eigenen kompletten FMS32 Ordner zu nutzen.
Also einmal startest du (z.B.)
C:\Programme\FMS32Pro_Kanal1\fms32pro.exe /S:0
Und dann
C:\Programme\FMS32Pro_Kanal2\fms32pro.exe /S:1
Klappts dann?
Gruß Joachim