Y-Kabel hin oder her...
Es kommt drauf an, welche Klinkenstecker dran sind.

Wäre zum Beispiel ein Mono Klinkenstecker in einer Stereobuchse,
so kann es unter Umständen zu "Kurzschlüssen" kommen, weil eine Monobuchse ganz anders
aufgebaut ist, wie eine Stereobuchse.

Schau dir mal die Klinkenstecker genau an.
Alles was in die Soundkarten rein geht, MUSS vorne am Klinkenstecker 2 Ringe haben.

Ich kann mir gut vorstellen, das irgendwo eine Monoklinke in ner Stereoklinkenbuchse steckt.

Wenn DU nur einen Scanner dran hast, mit dem Du auswertest
(das geht aus dem Text nicht hervor)
dann schließ diesen doch einfach an nur eine Soundkarte an.
Man kann ja schließlich in der Wiedergabelautstärke auch den entsprechenden Discriminator
auf "silent" stellen... Dazu einfach beim Line In, den Balance Fader in die entgegen gesetzte
Richtung schieben, zu dem, wo der Discriminator drauf ist.

Ansonsten: Erstmal auf ne Antwort warten. :)