Kann es sein, dass Du in Deinen Batch Dateien solch eine Zeile drin hast:

if exist status.txt goto ende ????

Weil, ich vermute dass die temporär erstellte .txt Datei mal nicht gelöscht wurde, dass heisst die exisitiert noch und das heisst widerum dass wenn die Datei existiert, dann springt es gleich zum Ende.

Guck in Deine Batch Datei rein, guck wie die Datei heisst die immer erstellt wird, dann such Dein System nach dieser Datei und lösch diese und es müsste alles wieder funktionieren.