Hallo,
sowas geht mit ziemlich jedem Kartenprogramm was Topografische Karten lesen kann, neben TOP50 auch TOP25 bzw. TK25 oder auch die Kartensoftware von MagicMaps in 1:25 000.
Nur Freeware fällt mir da spontan nichts ein, den zum erstellen von einem Geländequerschnitt benötigt man ja auch das entsprechend genaue Höhenmodell.
Meld dich mal per PN, vieleicht kann ich dir helfen :-)