Nachdem Skype gestartet ist, das heist sich angemeldet hat und die Verbindung zum Server steht (u.u. n paar waits reinschreiben) folgende Zeile ins batch:
Skype.exe /callto:*user*
wobei *user* durch seinen (nicht den von dir zugewiesenen) Skypename zu ersetzen ist. Außerdem muss er in deiner Kontaktliste sein...