Sorry aber das kann nicht sein, wenn das Programm die Batch startet, dann ist das nix anderes, als wenn du die Batch manuell öffnest. Da könnt ich mir nur noch erklären, dass es zwei unterschiedliche Batch`es sind. Also das sich vielleicht ein Fehler in der Verzeichnisstruktur eingeschlichen hat.
Ne andere Erklärung fällt mir echt nicht ein.