Habe auch mal testweise die Demo von FMS32 auf meinem Notebook getestet, und dabei festgestellt, dass am Microeingang (Stereobuchse) am Linken Kanal das Signal anliegen muss und am Rechten Kanal darf kein Signal anliegen, da dort eine vom Notebook erzeugte Speisespannung für Elekretmikrofone (normale Headsets und Mikros) anliegt.
Somit kann man (zumindest bei meinem Notebook) nur ein Signal an den Linken Kanal anlegen und auswerten.

Ich hoffe ich konnte dir damit etwas helfen...