Bei FMS32 kannst du über den Parameter /s=x die Soundkarte auswählen.
C:\Programme\FMS32\fms32.exe /S=0 für die erste Soundkarte
C:\Programme\FMS32\fms32.exe /S=1 für die zweite Soundkarte

Bei anderen Programmen mußt du mal nach "Wave In Device" für den Eingang oder nach "Wave Out Device" für den Soundkartenausgang suchen.
Meistens kannst du dann eine Soundkarte einfach auswählen.

Wieder andere Programmen bieten keine Auswahlmöglichkeit an, hier wird immer das "Standarterät" benutzt das man aber in den "Eigenschaften von Sounds und Audiogeräte" einstellen kann.