Kann es vielleicht sein, das du mit dem Scanner zu nah am Rechner bist? Durch stark abstrahlende Computerbauteile oder Monitore kann es auch zu störungen kommen.
Schliess den Scanner mal an und beweg dich vom Rechner weg. Vielleicht ist das Rauschen dann schon erledigt.
Ansonsten bräuchten wir wohl etwas mehr aussagen zum Scanner. Die Soundkarte hat meines Wissens keine Rauschunterdückung.
Bist du im richtigen eingang in der Soundkarte? Ist der richtige Eingang aktiviert?