Die einfachste Lösung ist, den Befehl

START "Alarm" /B

vor die Soundausgabe zu setzen.

Also in unserem Beispiel

@ECHO OFF
COLOR 3b
CLS
ECHO.
ECHO.
ECHO Schleife XY ausgelöst.
ECHO Alarm: %3
START "Alarm" /B C:\Winnt\System32\sndrec32.exe /play "c:\sound\poc32\alarm.wav" /close
rem c:\clemail\clemail -toname "Alarminfo" -from "xxx@gmx.de" -fromname "Alarm" -to yyy@gmx.de -subject %3 -body "Alarm" -smtpserver mail.gmx.net -smtpport 25 -encoding base64 -popserver pop.gmx.net -popuser 1234567 -poppass 89012

Nun wird die WAV-Datei abgespielt, parallel dazu läuft aber auch die Mail raus.