Müsste so aussehen (ungetestet):

@echo off
cd ..\..\
SET /P host=Bitte Hostname oder IP-Adresse des Proxy Servers eingeben:
SET /P port=Bitte Port des Proxy Servers eingeben:
SET /P user=Bitte Benutzername eingeben, Enter = kein Name:
SET /P pass=Bitte Passwort eingeben, Enter = kein Passwort:
if "%user%" == "" (
echo Proxy ohne Authentifizierung
java -Dhttps.proxyHost=%host% -Dhttps.proxyPort=%port% -jar bin\firEmergency.jar server
) else (
echo Proxy mit Authentifizierung
java -Dhttps.proxyHost=%host% -Dhttps.proxyPort=%port% -Dhttp.proxyUser=%user% -Dhttp.proxyPassword=%pass% -jar bin\firEmergency.jar server
)
pause
Datei im Ordner /files/batch/ anlegen und dort ausführen.