Naja, was sein kann:
Wenn der AM3 von einem externen Programm startet, könnte es sein, das der Arbeitspfad nicht der normale ist. Das heißt der AM findet den workspace Ordner nicht, weil er eventuell in dem Ordner sucht, in dem das Überwachungsproggi ist.
Ist jetzt nur ne Vermutung. Bei Java gibt es aber solche "Probleme" durchaus öfters. Es ist immer wichtig von wo aus der AM gestartet wird.
Was wir nutzen (erstmal nur zum Monitoring):
http://newrelic.com/