Zunächst eine rein technische Frage, Du benutzt eine Soundkarte und hast zwei Geräte an einen Eingang angeschlossen. Hier würde ich zumindest überprüfen, ob da nicht die Geräte sich gegenseitig die Signale beschädigen.

Grundsätzlich ist es möglich zwei Mono-Geräte an ein Stereo-Gerät anzuschließen und beide Signale getrennt auszuwerten, Aber dann muss das eine Gerät auf Masse und Kanal links und das andere Gerät auf Masse und Kanal rechts angeschlossen werden. Bei Chinch ist das relativ einfach, weil jeder Kanal mit Masse und Signal nach außen geführt ist. Bei Klinkenanschlüssen ist es schon etwas aufwändiger. Hier setzt man am besten Kabel mit einer Stereo-Klinke auf "Stereo-Chinch" (für die Eingangsklinke an der Soundkarte) und jeweils ein Kabel Mono-Klinke auf "Mono-Chinch" für die Scanner ein. Dann kann man über entsprechende Chinchverbinder zwei "Mono-Chinch" auf einen "Stereo-Chinch" koppeln und jedes Gerät belegt nur seinen Kanal (entweder rechts oder links vom Stereo-Eingang). Jetzt muss man nur bei der Software den jeweiligen Signaltyp dem entsprechenden Kanal zuweisen und es sollte funktionieren.
Wichtig ist auf jeden Fall, die Lautstärke am Ausgangsgerät (Scanner) soweit runter bzw. rauf zu regeln, bis in FMS die Signalstärke im "grünen" Bereich ist. Bei Disc-Ausgängen sollte der Signalpegel bereits im richtigen "Format" vorliegen, da DISC-Ausgänge als LINE-OUT ausgeführt werden.
Kopfhörer-Ausgänge haben allerdings einen deutlich höheren Signalpegel an einem geringeren Lastwiderstand, sodass hier sehr feinfühlig geregelt werden muss.

Stellt die Soundkarte allerdings keinen LINE-IN Anschluss, sondern nur einen Mikrophon-Eingang zur Verfügung (sehr geringer Signalpegel (wenige mV) an einem relativ hohen Eingangswiderstand), dann ist es fast unmöglich ein Gerät mit Kopfhörer (relativ hoher Signalpegel (mehrere V) an einem geringen Ausgangswiderstand) und ein Gerät mit LINE-OUT (definierter Signalpegel von etwa 1,5 V und relativ geringem Ausgangswiderstand) zu einem brauchbaren Ergebnis zusammen zu schalten, da in der Regel die Stereo-Eingänge und auch Stereo-Ausgänge einer Soundkarte keine Einstellung des linken Kanals unabhängig vom rechten Kanal erlauben.