ich wühl mal grad den Beitrag wieder hoch, da ich soeben auch vor dem Problem stand, daß es mein Layout "gebrezelt" hat... da ich aber von den Daten ein Backup hatte, vielleicht ein Workaround für den OP, so die Info denn noch benötigt wird:

Das Layout wird bei mir in der Datei

Code:
%USERPROFILE%\Anwendungsdaten\RadioOperator\DockPanel.config
gespeichert (bei mir läuft der RO unter WinXP). Wenn es dem OP die Datei beim Serverneustart zerlegt, folgende Idee als Workaround:

einmalig von Hand den RO starten, alles einrichten und den RO beenden (über Datei - Schließen im RO, damit das Layout auch mitgespeichert wird). Dann eine Kopie der obigen Datei ziehen und an eine gut auffindbare Stelle ablegen. Bei jedem Neustart des RO eben diese Datei an die passende Stelle zurückkopieren. Das kann man zum Beispiel damit erreichen, daß man den RO nicht über die Verknüpfung startet, sondern stattdessen über eine Batchdatei, in der vor dem eigentlichen Start des RO die Layout-Datei noch kopiert wird.

Nachteil: Ändert man irgendwas gewollt am Layout, so muß man die gleichen Schritte wie hier beschrieben wieder machen, sonst wird beim nächsten Neustart wieder das alte Layout zurückkopiert und die Änderungen sind weg.

Das ganze ist zwar eher eine quick & dirty Umsetzung, aber vielleicht mag es ja dem ein oder anderen hier weiterhelfen... :)