Ich entpacke das Update immer in einem neuen Verzeichnis.
Dann:

-config Ordner vom laufenden Programm in das Update kopieren (alles neue weg)
-log4j.properties im files ordner ebenfalls rüber kopieren (wenn du das debug level verändert hast)
-im plugins ordner die plugin.mail.jar kopieren (falls du da drin einstellungen zum Postfach gemacht hast.

-anschliessend das neue Verzeichnis laufen lassen. (Ich benenne es immer so um, dass die laufende Version "firemergency" heisst. Die alten Versionen bleiben als Ordner XXX1.2.xx_alt noch drauf.