@ FF Pulsnitz and @ all
Da hast du Recht.
Ich erkäre euch jetzt mal das Problem:

Die .jar ist das eigentliche Programm. Es kann über einen Doppelklick gestartet werden, oder via Konsole durch "java -jar Alarm.jar". Daran kann man dann die Parameter heften "java -jar Alarm.jar "%1" "|" "%2" "|" "%3" "|" ... . Bei den ersten Versionen stand in der Batch (die dann in eine exe umgewandelt wurde) einfach nur der Befehl + Parameter. Wenn man dann die exe bzw. die Batch manuell ausgeführt hat ging alles tadellos.
Jetzt kommt aber das Problem:
Wenn eine Aktion bei FMS32 ausgeführt wird, übergibt FMS32 der Aktion immer den Desktop als Pfad.
Das heißt unser Programm wurde folgendermaßen ausgeführt: C:/Users/Benutzername/Desktop/java -jar Alarm.jar
Da die wenigsten von euch die Alarm.jar auf den Desktop hatten funktionierte das natürlich nicht.

Deswegen unser neuer Ansatz (Entwickelt und ausgedacht von Hausen):

Jedes mal wenn die AlarmierungsTool.exe (bzw. .jar) gestartet wurde, wurde unter C:/Windows/System32 eine Alarmierungstool.txt erstellt, die den Pfad der .jar Dateien enthielt.

Wenn dann die Alarm.exe via FMS32 ausgeführt wird, wird durch verschiedene Batch-Befehle die Alarmierungstool.txt geöffnet, der Pfad als Variable gespeichert und an den Befehl "java -jar Alarm.jar" vorne hingehängt.

Hört sich gut an, und hat auch bei mir bzw. Hausen funktioniert.
Woran bei vielen von euch das Problem liegt kann ich noch nicht sagen (eventuell keine Schreib- bzw. Leserechte für den System32 Ordner?)