Schau dir mal die Logfile an und zeig mir folgende Zeilen:

31 May 2010 16:43:54 GMT --- Alarmparameter gefunden
31 May 2010 16:43:54 GMT --- Benutzer gefunden: $2
31 May 2010 16:43:54 GMT --- Parameter: 3495859
31 May 2010 16:43:54 GMT --- Parameter: 2
31 May 2010 16:43:54 GMT --- Parameter: R39210 13:32 2Chirurgisch RTW Bahnhofstraße 84 Musterstadt Fuhlstadt/Muster Handverbrennung Mustermann,Hans L [Null]
31 May 2010 16:43:54 GMT --- Alarmabarbeitung gestartet

Also ich will wissen, ob die Parameter richtig übergeben worden sind.
Wenn nein, dann liegt das Problem nicht an meinem Tool, sondern höchstwahrscheinlich am Aufruf.
Hast du auch die "" um die Parameter nicht vergessen???? (also ../Alarm.exe "%1" "%2" ...)
Kannst mir auch mal deine Settings.txt zukommen lassen (nicht der Inhalt, sondern das File)