hast du Thunderbird als Update installiert oder eine neue Installation in ein anderes Verzeichnis gemacht ?
Wenn die Installation in ein andere Verzeichnis ging und du vom "alten" Thunderbird nichts importiert hast, sind die Mails noch beim alten Clienten.

Dort kannst du sie dann exportieren und im neuen Importieren.

Das ist wegen POP3, da die Mails dann nur auf dem Rechner sind, auf dem du Abgerufen hast.